Hallo Markus,
zu 1: nein. webtrees verschluckt im Gegensatz zu fast allen anderen Programmen nichts, sondern übernimmt alles, da gibt es also keinen wirklichen Bedarf für ein Logfile. Ich habe vor einiger Zeit einmal diverse Programme getestet; grauenhaft was da alles in anderen Programmen unter den Tisch fiel; da kann man froh sein, wenn diese Programme das wenigstens protokollieren. Es kann aber sein, dass webtrees bei nicht korrektem GEDCOM-Code Dinge, die übernommen worden sind, dann nicht darstellt. Vorhanden sind dieses Sachen dann aber immer noch.
zu 2: einen Validator einzusetzen ist immer gut. Ich nutze ShowMeGedcom und GedcomValidator für die formale Richtigkeit. Es ist immer sinnvoll alle nutzerspezifischen Tags, die Ahnenwin eventuell verwendet vor oder nach dem Export zu entfernen oder in etwas GEDCOM-konformes umzuwandlen. Das kann man aber auch noch nach Import in webtrees machen, da dort mit dem "Suchen/Ersetzen mit regulären Ausdrücken" ein sehr mächtiges Tool für solche Aufgaben bereit steht. Stammbaumdrucker finde ich bzgl. seiner Plausibilitätskontrollen auch sehr hilfreich.
zu 3: webtrees unterstützt _LOC mit einem Zusatzmodul. Daher musst Du vor dem Import (!) bereits die Vesta-Module https://cissee.de/ (am besten alle) installieren. Dabei fällt mir auf, dass Du noch die Vesrion 1 von webtrees nutzt. Da solltest Du unbedingt vorher auf Version 2.0.11 umsteigen. Dazu gibt es eine genaue Anleitung, was man da alles beachten muss. Ob auch Version 2 so schön in Deine Joomla-Umgebung integrierbar ist, kann ich nicht sagen, wirst Du ja sehen. Die Stammbaumübersicht von JustCarmen gibt es dann auf jeden Fall leider nicht mehr und für Deine Änderungen an der Menüstruktur wirst Du wohl völlig neue Module programmieren müssen.
zu 4: auf gar keinen Fall! Jeder Import und Export bei anderen Programmen führt zu Verlusten. Ich kennen nur webtrees als einziges Programm, das bis auf ein paar ganz exotische Dinge Import und Export ohne jeden Verlust hinbekommt. Und Du kannst ja dem Vorschlag von Peter Schulz folgen und nach dem Import in webtrees gleich wieder exportieren und vergleichen. Würde mich sehr wundern, wenn Du da etwas Signifikantes finden solltest (eigentlich werden nur Inline-Media-Verweise in Media-Records umgewandelt, aber das sollte für die Darstellung irrelevant sein).
zu 5: Ja, Du kannst nach dem Import die verschiedenen Datenbereinigungsassistenten von webtrees nutzen, etwa um veraltete Tags wie CEME oder nicht nötige Tags wie _PRIM zu korrigieren. Wichtig wäre noch, dass das wichtigste Foto einer Person möglichst als erstes Foto dieser Person in der GEDCOM-Datei auftaucht, damit es dann dort als Profilbild zur Ansicht kommt; das wirst aber eh schon so haben, wenn Du bereits jetzt webtrees als Anzeigeprogramm verwendest. Ich habe mir mit den Datenkorrekturen nur einmal Probleme eingehandelt: zu Beginn meiner Ahnenforschung war bei vielen Personen nicht klar, ob sie noch leben oder schon gestorben sind, da entsprechende Einträge fehlten. Ich habe dann die webtrees-Korrektur darauf losgelassen und die hat etliche lebende Personen als "tod" markiert, was mich einige Zeit gekostet hat das wieder gerade zu ziehen. Passiert aber nicht, wenn die meisten Personen bereits richtig zugeordnet sind, dann findet dieser Assistent wirklich nur noch die Personen, die man vergessen hat mit "1 DEAT Y" zu kennzeichnen.
Viel Erfolg! Es lohnt sich!
Hermann